弟子們便遵照師傅生前保護真身的囑咐，請來九華山法師，將其跏趺（佛教中修禪者的坐法）坐缸。缸中配以木炭、檀香木、石灰等原料，再密封缸體及砌磚封護。他的弟子回憶，師傅往生（圓寂）前的第三天，還特別對弟子們又做了一番交待。“出家人來也空空手，去也空空手，”師傅說，“我去了以后，什么也沒有留給你，留給你我的骨頭，無價寶。”

圓寂三年還長頭發(fā)和指甲

對于妙智和尚為何肉身不腐，這一謎團也給了弟子們更多的思考。妙智和尚一生對于醫(yī)藥方面十分精通。 他的弟子回憶，師傅在往生前十余天，己經停止進食，每天只喝點水。更讓世人驚嘆的是三年后的今天，人們發(fā)現妙智和尚的雙眼依然是睜開的。

而且頭上還長出1.8厘米的頭發(fā)，手上的指甲也長出了1厘米左右。按照佛教的規(guī)矩，和尚的頭發(fā)長度不能超過一粒米的高度。在妙智和尚往生前四天，他的弟子剛給他剃過頭發(fā)，修過指甲。

妙智菩薩肉身裝金

2006年底，佛光寺為妙智法師肉身裝金，采用金箔材料，貼金八層。經過貼金之后，肉身也得到更好的保護。如今妙智法師金身供奉在佛光寺妙智法師紀念堂中，端坐在一張?zhí)珟熞沃?，身披紅色袈紗，眼睛還閃爍著點點亮光，讓人瞻仰。紀念堂內，還展示妙智法師的生平介紹，以及參加佛教活動和社會活動的大量彩色照片、實物、獎狀、獎品和榮譽證書等。